Главный объект охраны на заповедной территории – это Пермиловское месторождение подземных вод, запасы которого важны для хозяйственно-питьевого водоснабжения Архангельска и Новодвинска.
Всего на территории Плесецкого округа разведано четыре месторождения пресных вод, самым крупным является Пермиловское.
Обширные участки открытых болот, множество озер, рек и ручьев создают оптимальный гидрологический баланс для пополнения ресурсов Пермиловского месторождения подземных вод.