Во время польской интервенции в начале XVII века монастырь подвергся разорению. Его восстановили по указу царя Михаила Федоровича Романова и с этого времени Романовы стали особо заботиться о монастыре. Благодаря их поддержке обитель превратилась в один из богатейших и известнейших монастырей России.
Новоспасский монастырь закрыли после революции 1917 года. На его территории располагались различные учреждения, в том числе женская тюрьма. Его вернули Русской православной церкви в конце XX века, сейчас он является действующим.