В АО «Аэропорт Якутск» функционирует система менеджмента качества, основная задача которой – обеспечить уверенность, что организация способна поставлять услуги, полностью соответствующие требованиям. Эта система сертифицирована по стандарту ISO 9001:2015 компанией «Бюро Веритас» с 2021 года.
В июле этого года в рамках ресертификации АО «Аэропорт Якутск» подтвердил соответствие системы менеджмента требованиям международного стандарта с заявленной областью сертификации «Обслуживание пассажиров и багажа.