Иван Бер родился в 1763 (по другим сведениям – в 1764) году в Малороссийской губернии, в городе Ромны. Его отец – рижский немец Михаил Бер – был купцом. Эта обширная география, сосредоточенная в одном семействе, способствовала усвоению языков. Мальчик Ваня умел изъясняться «по-российски, по-немецки, по-французски… и несколько по-латыни».
На медицинском поприще ему с латынью будет проще.
В 1783 году двадцатилетний Иван Бер прибыл в Москву и поступил на службу в Московскую генеральную сухопутную гошпиталь волонтером.