В Российском госархиве древних актов (которые оцифрованы, но доступ к ним только по разрешению - ну понятно почему) есть документ с описью обыска у старосты Водской пятины в устье Невы. "Ранее он не публиковался и к изучению допетровского Петербурга не привлекался" - какой допетровский Петербург и что там обыскивать на болотах?
В документе говорится об обыске 25 мая 7108 лета (1600г) по указу царя Бориса Годунова и князя Василия Шуйского, описывается наличие корабельной пристани, гостиного двора и храма.