Doanh thu dưới một tỷ đồng, hộ kinh doanh đã nộp thuế sẽ được hoàn lại cách nào?

Doanh thu chịu thuế của hộ, cá nhân kinh doanh được nâng lên trên một tỷ đồng mỗi năm. Nếu đã kê khai, nộp thuế trước đó nhưng doanh thu dưới ngưỡng mới thì sẽ xử lý thế nào?