В настоящее время в районах республики в стадии проектирования находятся 5 водоочистных (Сегежа, Беломорск, Кемь, Пудож, Суоярви) и 4 канализационно-очистных станции (Олонец, Кемь, Медвежьегорск, Пудож), а также сети водоотведения. Но в ходе работ было выявлено большое количество проблемных вопросов, которые трудно решить на муниципальном уровне. Среди них — ограниченные площади земельных участков, отсутствие производственного контроля качества воды и качества очистки, отсутствие утвержденных зон санитарной охраны.