Елена Кукушкина окончила Самарский государственный медицинский университет по специальности «Лечебное дело», обучалась в ординатуре на эндокринолога, после чего прошла циклы переподготовки по детской эндокринологии. Сразу после учебы устроилась работать эндокринологом в поликлинику №2 ГУЗ «Городская клиническая больница святого апостола Андрея Первозванного». А уже через два года молодому специалисту предложили должность заведующей поликлиникой.